生化配套純水機水處理系統中的滯留區或死區，容易造成污染物的堆積，尤其會造成微生物污染；同時也為系統后期清洗留下隱患。水處理系統中主要的滯留區是反滲透膜元件和壓力容器之間區域以及反滲透水的儲存裝置。

進入討論前，我們先來了解一下微生物污染的特點。微生物主要是指細菌及其釋放和降解產物—內毒素。

細菌：在水中常見細菌是革蘭氏陰性菌和非結核性分支桿菌，它們特別適應水中的生存。由于這類細菌能形成電性改變的生物膜（biofilm），使它能夠附著在物體的表面，很難被清除。在水處理系統中主要存在于反滲透膜與膜殼之間的滯留區、反滲水箱、送液管道等地方。同時生物膜能夠保護細菌對抗消毒劑對它們殺滅。當有合適的PH值（酸性平衡），營養和溫度時，它們能很快地繁殖。如果細菌進入病人的血液中，就可以引起敗血癥。如果細菌的產物和細胞膜的成份通過膜孔進入血液，可以引起病人的致熱反應。使病人出現發抖、發熱、低血壓、惡心等癥狀。嚴重可引起病人死亡。

內毒素：內毒素是細菌細胞壁的成份，當細菌分解，內毒素便被釋放出來。因為內毒素能引起透析病人的發熱反應，所以它們又被稱為致熱源。由此而引起病人的反應稱熱源反應。透析病人長期與含有內毒素的水接觸可引發長期的并發癥。內毒素的分子量很小，可以通過彌散作用通過透析膜進入血中。因為內毒素不是一種活體，不可能被殺死，也很難被清除。